Історія вивчення життя і творчості Караваджо важка і неприємна. Майже всі факти життя художника видобуто з записів його ворогів. У Караваджо не було прижиттєвого біографа, а про його молоді роки і бандитську поведінку дізнались з судових протоколів. Він ніколи не вів щоденників, не писав листів друзям чи рідним, нема жодного достовірного малюнка художника. Не збережено фактів про день його народження, а дати життя і смерти узято з епітафій, які збирав адвокат Марціо Мілезі, що зберігаються нині в Ватикані. Сучасні перевірки епітафії відкрили в ній помилки.
Про Караваджо можна говорити як про людину без тогочасної освіти, він автодидакт, художник, що навчався поспіхом, художник, що створив себе сам.
Народився 28 вересня 1573 року, місце народження невідоме. В родині було четверо дітей, один з яких став священиком. Батько і мати померли рано, хлопця в майстерню художника пристроїв один з братів. Первісне навчання отримав у Сімоне Петерцано в місті Мілан, представника пізнього маньєризму. Від вчителя отримав первісні художні навички, але невеликі, бо ніколи не малював пейзажів, приблизно знав, як робляться фрески ( їх майже нема в творчості майстра), мав недоліки в композиціях картин. Маньєризм, як художній стиль, ніяк не відбився у творах Караваджо - ні в композиціях, ні в колориті.
Після отримання своєю долі батьківського спадку, перебрався в Рим. Бідував, заробляв випадковими замовами. Пристроївся в майстерню художника Чезаре д'Арпіно помічником, де малював на його картинах фрукти і квіти.
Пощастило молодому художнику з першими серьозними меценатами. Ними були кардинал Франческо дель Монте і маркіз Вінченцо Джустініані. При дворі кардинала художник отримав житло і гроші, а також перші великі замови. Картини Караваджо для каплиці Контареллі в церкві Сан Луїджі деі Франчезі принесли художнику гучну і скандальну славу в Римі.
Аби мати офіційне визнання в Римі, Караваджо розпочав клопотання задля прийому в члени Академії святого Луки. Схвальні рекомендації надали художники Орацио Джентілєскі, Просперо Орсі. Але голова академії - Федеріго Цуккарі відхилив клопотання і через спротив Цуккарі - Караваджо членом художньої гільдії так і не став.
Композиції художника для церкви Сан Луїджі деі Франчезі викликали сенсацію в Римі. Натовп збігався дивитися на них . Були тут і спантеличені успіхом молодого митця - художники Риму, серед них - сам Федеріго Цуккарі, офіційній голова Академії святого Луки. Оглянувши твори, Цуккарі оголосив, що не знайшов в картинах нічого нового, окрім впливів художника Джорджоне. Так Цуккарі, ображений успіхом Караваджо та прихильністю до нього декількох багатих замовників, вкотре залучився до ворогів Караваджо, пішов на неблагодійний вчинок, принижуючи авторитет найбільш відомого на той час римського художника.
Один з перших судових позивів Караваджо - був за скаргою другорядного художника Джованні Бальоне. Караваджо та його небезпечні друзі зробили на невдаху Бальоне наклеп, а той ініціював судову справу. Не дивно, що він люто ненавидів талановитого майстра, став його ворогом, засудив і його поведінку, і художню манеру(яку тим паче сам вивчав і використовував). Аби сплюндрувати авторитет Караваджо у нащадків, написав ганебну біографію художника в своїй книзі. Уривок з наклепу Бальоне.
« У зв'язку з палким темпераментом Мікеланджело( Караваджо ) мав славу розбишаки.То собі трохи шию не зломить, то іншого доведе до смертної небезпеки.І приятелював з такими ж злодіями. Одного разу полаявся з шляхетним молодиком , Рануччо Томассоні, під час гри в м'яч. Лайка перейшла в бійку зі зброєю. Мікеланджело зробив випад шпагою, поранив того в бедро, від кровотечі той помер. Уся банда втекла з Риму.»
Це свідоцтво ворога Караваджо. На жаль, подія підтверджена документами.
Після скоєного вбивства, Караваджо втік в Південну Італію, де почалися три роки примусових блукань. В Південну Італію Караваджо втік до знайомих, серед яких модель його ранішніх картин Маріо Мінніті, сам художник. Це його обличчя посміхається глядачам з картини Караваджо « Юнак з кошиком фруктів ».
Як модель Караваджо він зникає після 1600 року. До того ж його зачепив скандал неврівноваженого Караваджо, що в запалі гніву вбив Рануччо Томмазіні(Томмассоні) у 1606 році. Біограф Маріо записав, що він втік на Сіцилію внаслідок скоєного вбивства людини і писав папі римському в надії на пробачення. Відомо, що саме Мінніті надав схованку втікачу і вбивці Караваджо на Сіцилії у 1608—1609 роках, а також допоміг тому отримати замову на образ для церкви, відомий як «Поховання Святої Лючії після тортур».
З важлиих подій життя Караваджо цього періоду слід назвати отримання звання лицаря Мальтійського ордену у 1608 році і сварка, що породила смертельних ворогів художника серед названих лицарів. Смертельна небезпека спонукала Караваджо до втечі з Мальти, а невблаганні вояки наздогнали художника і понівечили йому обличчя.
Дивно, що нещастя і блукання не позначилися погано на творах художника, а натхнення і творча інтенсивність останніх років вражають.
Потім він перебрався на Мальту, де мав аудієнцію у великого магістра і намалював його портрет. Високопосадовець надав художнику звання лицаря.
Але і там Караваджо полаявся з якимось законником, смертно образив того і потрапив у в'язницю, з якої втік і перебрався на Сіцилію, де створив декілька картин в Палермо. Рятуючи своє життя, Мікеланджело повернувся в Неаполь, де його наздогнали лицарі і понівечили йому обличчя до невпізнання. Доведений помстою до відчаю, той забрав своє бідне майно і перебрався на човник, аби морем дістатися Риму в надії на пробачення папи римського Павла V. Про це обіцяв клопотати кардинал Гонзага. На березі Караваджо помилково арештували і потягли у в'язницю. Через дві доби звільнили, але вкрали його човник з майном. У відчаї він бігав на березі у спеку в надії відшукати човник і майно, але все було марно. Художник дістався селища, де захворів на лихоманку. Тут, безпорадий і позбавлений допомоги, він і злодійськи помер, як і жив 18 липня 1610 року.
Могила Караваджо не збережена.